治療胃腸炎最重要的是補充水和電解質。通常患者只需臥床休息并飲用足量的水分（如口服補液鹽溶液）即可。即使是嘔吐的患者也要盡量多飲水。哺乳期的嬰兒應繼續哺乳。碳酸飲料、茶、運動飲品、含咖啡因的飲料及果汁并不適于補液。如果嘔吐或腹瀉持續時間較長或有嚴重脫水，有必要進行靜脈補液。嘔吐劇烈時可加用止吐藥。如果腹瀉持續時間超過24～48小時并且沒有跡象表明有更嚴重的細菌感染，可加用止瀉藥。通常兒童不建議使用止吐藥和止瀉藥。
由于抗生素可能會引起腹瀉或促進耐藥菌生長，即使胃腸炎的致病菌已經明確，抗生素通常也不建議使用。但是，某些病原菌（如彎曲桿菌、志賀菌、霍亂弧菌等）感染或患者有旅行者腹瀉，可使用抗生素。
對于病毒感染所致的胃腸炎，抗生素并無效果。寄生蟲感染所致胃腸炎需使用抗寄生蟲藥物。
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