依據(jù)腸道菌群在腸道內(nèi)的分布層次和存在情況，可以將其分為膜菌群和腔菌群兩大類：膜菌群又稱為原籍菌，在出生后數(shù)天就能貼近黏膜表面定植，是長期居住的細(xì)菌，成年時(shí)仍保持較多數(shù)量，與定植部位的上皮有密切聯(lián)系，?cè)珉p歧桿菌、厭氧乳桿菌、擬桿菌等；腔菌群又稱外籍菌，主要存在于腸腔內(nèi)，是數(shù)量少、不穩(wěn)定的過路菌，?cè)玢~綠假單胞菌、腸球菌、大腸桿菌等腸道。
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