腸功能紊亂是因為腸道本身疾病引起，還是全身疾病引起，治療用藥是不一樣的腸道。另外，根據腸道功能紊亂的癥狀不同，用藥也不一樣，有些病人可能會出現腹脹、惡心、納差、腹瀉情況，需要給助消化的增加腸道蠕動的藥物，包括保護胃黏膜的藥物。如果病人腸道功能紊亂出現便秘，可能會給改善便秘的藥物，比如常用的麻仁軟膠囊、果導片進行緩解，緩解便秘癥狀以后，可以改善胃腸功能紊亂情況。常用的助消化藥物，包括平常多用的復方消化酶、胃酶合劑，還有質子泵抑制劑、奧美拉唑、泮托拉唑以及調節腸道菌群的雙歧桿菌藥物，都可以有效緩解腸道功能紊亂。
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